Jag använder mencoder (www.mplayerhq.hu) för allt sånt, eftersom den klarar av precis vad som helst...
att koda om 3gpp till h.264:
mencoder -ovc x264 -o file.264 file.3gp
Normalt roddar jag i kommando-fönstret men det finns GUI program till den också (googla lite på mencoder gui frontend)...